В далёком технологическом будущем цивилизация достигла своей конечной формы, основанной на сети. «Инфекция», в прошлом заставившая автоматизированные системы выйти из строя, в результате привела к самокопированию во все направления многоуровневой городской структуры. Теперь человечество потеряло доступ к системе контроля города, и до самой смерти людей преследует система охраны под названием «Защитник».В крохотном уголке города небольшая группа, известная как «Электрорыбаки», сталкивается со своим возможным концом, зажатая между системой охраны и подходящими к концу запасам продовольствия.Девочка по имени Дзуру отправляется в путешествие, чтобы найти еду для своей деревни, но подписывает себе смертный приговор, когда наблюдательная башня замечает её и вызывает отряд защиты, чтобы устранить угрозу. Когда все её сопровождавшие оказываются мертвы, а все пути спасения — заблокированы, единственное, что может спасти сейчас Дзуру — это внезапное прибытие Килли, который случайно встретил девушку, выполняя своё задание по поиску ключа для восстановления порядка в мире.

Люди хотят стать богами — они дарят разум неодушевленным предметам, создают искусственную жизнь и наделяют её своими стремлениями. И в один прекрасный момент Земля, раскрученная новыми творцами, начинает развиваться вне зависимости от их воли, оставляя людей далеко позади, как слабый и бесперспективный элемент эволюции. В этот момент рождается Мегаструктура, многоуровневый, вечный лабиринт.Мегаструктура — одновременно и мир, вышедший из-под руки Цутому Нихея, и главный герой этого мира. В ней рождаются и умирают люди, киборги, андроиды, биологические и механические существа, в ней появляются герои, искатели, бессмертные воины (Килли и Сибо), но все они — её часть. Она непобедима.