Mass Effect: Paragon Lost является приквелом к игре Mass Effect 3. В центре сюжета - начало карьеры офицера Альянса Джеймса Веги. Джеймс приходит в элитный отряд спецназа Альянса в начале борьбы с таинственной угрозой, известной как Коллекционеры. Состоя на службе в отдалённой звёздной системе, Джеймс Вега и его напарники должны защитить граждан колонии от вторжения неизвестных, которые пытаются похитить людей.