Однажды по всему миру появляется «Туманный флот», корабли, оснащённые супер-оружием. Не имея возможности противостоять ему, человечество было вытеснено с моря. Спустя 17 лет после разрушительной морской войны Гонзо Чихайя вместе со своими друзьями умудряется каким-то образом заполучить одну из вражеских субмарин и даёт ей название I-401. Вместе с Ионой («ментальная модель» I-401 или физическое воплощение в форме гуманоида) они ввязываются в войну с «Туманным флотом».