Для героев наступает осень и события близятся к своему завершению. Сюжет третьей части адаптации игры вращается вокруг того же Макото и его тайной организации S.E.E.S.. Главный герой и его соратники решили положить конец «тёмному часу» и монстрам Тени, пожирающим человеческий разум. Бой идет не на жизнь, а на смерть. Жертвами становятся не только друзья, но и семья. Чтобы защитить близких, парню необходимо вникнуть в самую суть стычек, понять их тайный смысл. В это время в водовороте событий появляется таинственный студент по обмену, Рёдзи Мотидзуки