Тайная война развернулась в Японии. Около 200 000 доживших до наших дней ниндзя участвуют в убийственных миссиях по поручению NIN - Разведывательного управления Ninja. Однако у них появился соперник, Under Ninja, известные также как UN. На каждое действие NIN они отвечают своим. Нелюдимый школьник Куро, работающий на UN, попадает в самую гущу сражения. Что его ждет? И какая же из фракций одержит верх?