События Fate/Apocrypha происходят в мире, параллельном миру Fate/stay night, в котором Грааль был убран из города Фуюки после Третьей Войны. История начинается с того, что в Румынии был обнаружен Святой Грааль. Его похитила и привезла в Румынию семья Иггдмилленния. Хотя существуют и другие Войны Святого Грааля, проходящие по всему миру, по сравнению с подлинной версией, они меньшего масштаба, поскольку могут призвать только до 5 Слуг.Это знаменует начало Великой Войны Святого Грааля в городе Трифас, с двумя противоборствующими сторонами: Черная Фракция, члены которой являются частью семьи Иггдмилления и Красная Фракция - наемники, нанятые Ассоциацией, чтобы остановить Иггдмилению. Грааль также призывает Рулера выступить в качестве наблюдателя в Войне Святого Грааля. Законы здешней войны отличаются от обычных - в ней участвуют 15 слуг (по семь с каждой стороны и Рулер), в обычной же борются семь сторон.