История начинается в идеальном городе \"№.6\" в 2013 году. Когда Сиону было два года, его отнесли к имеющим \"наивысший интелект\" людям и позволили жить в элитном районе \"Кронос\"На его двенадцатый день рождения Сион встречает мальчика Нэзуми(Крыс), сбежавшего из заключения. Сион помог ему, но в ответ Бюро Общественной безопасности лишило Сиона всех привилегий и изгнало его из Кроноса в \"Потерянный Город\"Спустя четыре года после изганния таинственный инцидент приводит Сиона к секрету города №.6