Год 2040, – уже прошло 30 лет с момента противостояния сил Земли и Зентреди, изменившего жизнь обеих рас. На планете Эдем в рамках сверхсекретного проекта «Супернова» проходят сравнительные испытания два прототипа истребителей-трансформеров следующего поколения, -  YF-19 компании Shinsei Industries и YF-21 от General Galaxy. По иронии судьбы тест-пилотами конкурирующих компаний становятся, бывшие когда-то друзьями, получеловек-полузентреди Галд Боумен и молодой сорви-голова Исаму Дайсон.