В середине девятнадцатого века состоялся первый контакт с пришельцами - в Японии приземлились чёрные корабли инопланетян аманто. Они прибыли на Землю с целью её захвата. Мечи самураев и ружья асигару оказались бессильны против технологий пришельцев, и сёгунат подчинился власти аманто. Сопротивляется власти захватчиков лишь патриотически настроенная группировка Дзёй. Когда-то Дзёй стояла во главе национального движения, однако теперь она переродилсь в террористическую организацию, чьи члены активно преследуются сёгунатом и Синсэнгуми.Гинтоки Саката, один из бывших лидеров Дзёй, а ныне просто мастер на все руки в новом Эдо, периодически сталкивается с Синсэнгуми, пиратами Харусамэ и членами Дзёй, чьим нынешним лидерам не даёт покоя его предательство. Вместе со своими спутниками Симпати Симурой и Кагурой он не раз попадает в опасные ситуации, из которых нередко выкручивается с помощью друзей и изворотливости.