В будущем на Земле существует летающеий город. Вероятно жизнь там - это футуристический рай... Вместо этого мы вступаем в город, построенный под летающим городом. В этих трущобах Доктор Идо, талантливый учёный, изучающий киборгов, находит на свалке среди отбросов летающего города-рая Залема, девочку-киборга скинутого сверху. Он полностью восстанавливает её и даёт ей имя Гэлли, которое потом превращается в Алиту. Алита просыпается в мире, где очень низкий уровень жизни, банды сражаются за контроль над территорией, а из законов действует только один - \"право сильного\". Очевидно, что Алита - ребёнок без прошлого, даже для самой себя. Пытаясь заработать деньги и попасть в верхний город. Инстинктивно она всё ещё помнит мощнейшую технику сражения киборгов. Чтобы заработать деньги, Алита нанимается охотником за киборгами-преступниками и скоро становится известной охотницей за головами и ей поручают убить того кого она любит. В мире, где жизнь стоит мало, а люди более жестоки и бесчувственны чем машины, Алите предстоит узнать что такое любовь и горечь потери.