В ближайшем будущем внезапный и необъяснимый подъем уровня моря оставил большую часть человеческой цивилизации под водой. Икаруга Нацуки, мальчик, потерявший мать и ногу в результате несчастного случая несколькими годами ранее, возвращается разочарованным из суровой жизни в большом городе и обнаруживает, что его старый загородный дом наполовину поглощен морем. Оставшись без семьи, все, что у него есть на счету, — это корабль и подводная лодка, оставленные ему бабушкой-океанологом, и ее долги.Его единственная надежда вернуть мечты о будущем, которые он потерял, - это воспользоваться возможностью, предоставленной ему подозрительной сборщицей долгов Кэтрин. Они отправились на поиски затонувших руин лаборатории его бабушки, чтобы найти сокровища, которые, по слухам, она оставила там. Но то, что они находят, — это не богатство или драгоценности; это странная девушка, спящая в гробу на дне моря. Атри.Атри — робот, но ее внешний вид и богатство эмоций способны обмануть любого, заставив думать, что она живой, дышащий человек. В благодарность за то, что ее спасли, она заявляет Нацуки: «Я хочу выполнить последний приказ моего хозяина. Пока я это не сделаю, я буду твоей ногой!»В маленьком городке, медленно окутываемом океаном, для этого мальчика и этой загадочной девочки-робота вот-вот начнется незабываемое лето...