Предельно очевидно, что с мамкой героини было что-то на так - они ж словно из одного инкубатора, при этом Квон (даже при учете все анимешности) ни разу не тянет на сорокалетнюю женщину.
Сара, что вроде как много умных слов знает, но то ли автор вообще в теме не шарит, то ли ее спецом сделали такой недалекой, но она (при всех своих "знаниях") не в курсе даже о парадоксе путешественника во времени или о том, что ничто не берется из ниоткуда. Если она является своей матерью, то это постоянный цикл, НО в нем есть один существенный недостаток - откуда-то должна была появиться первая Сара. 
Ладно, черт с ним, все равно это оказалось не правдой.
Почему выброшенные на пляж - голые? Рина в капсуле не голая. Одежду водой смыло? Одежда истлела со временем? не логично, ведь она тоже была в крио-камере, да и кольцо не пострадало.
А, да, точно, просто тогда по странной одежке все бы сразу поняли, что с Бибой и Бобой что-то не так. Она просто не нужна по сюжету, а обоснуй? Кому такие мелочи уперлись?
Почему все так усердно искали пропавшую Рину, но соседний остров удосужились проверить только через пять лет? почему девочку достали, а скелет мужика так и оставили тухнуть дальше? ну, в ментовку там сообщите хотя бы.
Почему Квон с синдромом серой сажи вдруг про него забыла и спокойно пошла чилить под солнцем сперва на материк (до спасения), потом в круиз?

Ну и мое любимое: система жизнеобеспечения скопытится со дня на день, ресурсов нет, запчастей нет, еды-воды нет. Все осознают (должны, по крайней мере), что со дня на день их ждет смэрть. Что делать? Конечно же, плодиться, как кролики. Дети, больше детей! Долой предохранение, нам нужна армия карапузов!
За пределом купола, кстати, никакого армагеддона не обнаружилось. Ну да, снежок, все такое, но у Карен даже шапки нет, а умерла она не от переохлаждения. Ничего даже не почернело и не отвалилось, а могло бы. Люди бы в таких условиях могли жить; да, тут есть беда с синдромом, но не все же им больны. 

Про цикл бесконечного повторения истории комментировать не буду, ибо да, есть такая теория, но... но киты и три черепахи в свое время то же были теорией.  

Возникает впечатление, что авторы захотели соригинальничать, но в итоге сели в глубокую лужу. Идея "петли времени", которая напрашивалась сама собой, видимо, показалась им слишком банальной и затасканной - и они придумали "гениальный" сюжетный твист. Встречайте героя, пронзающего эпохи в анабиозной капсуле: заснул - и проснулся много тысяч лет спустя, когда от прошлой цивилизации не осталось и следа, и Землю населяет новое человечество. И все бы ничего, но нам показывают, что человечество снова до мелочей повторяет само себя, появляются одни и те же страны, рождаются одни и те же люди, жизнь которых, к тому же, складывается полностью одинаково. Понятно, что процессы, происходящие в обществе цикличны, цивилизация может погибнуть и возродиться вновь - но не в виде же своей абсолютной копии! Это не говоря уже о том, что за много тысяч лет очертания континентов и морей (и того самого острова, на котором происходит действие) должны были ощутимо поменяться. 
Ну вот к чему нужно было авторам аниме устраивать такое надругательство над здравым смыслом? 

Насчёт повторения хода событий, многим это не понравилось, многие сочли это бредом. Сидя на лекциях, я слышал о таком, Гипотеза бесконечного возврата (могу что-то путать), поэтому мне она не показалась такой бредовой. Но всё же здесь присутствует немалое количество сюжетных дыр, что печалит