Какаши не убивал Рин(точнее не специально)!!!! Шиноби из другой деревни похитили её (не помню из какой) и запечатали в ней джинчюрики, и когда она бы вернулась в деревню то хвостатого бы выпустили и он разрушал бы Коноху,Но Рин бросилась на пути Какаши когда тот отаковал противника чидори. -_- вот так

Скрытый туман похитил ее и запечатал в ней треххвостого. Какаши побежал ее спасать, но это был их план: заманить рин в коноху и высвободить треххвостого, тогда бы коноха была разрушена. Рин это понимала и сама подставилась под удар Какаши. Как-то так

Какаши не хотел убивать Рин, она добровольно налетела на его атаку, так как не хотела подвергать Коноху опасности, ведь скрытый туман запечатали в Рин треххвостого и планировали высвободить его как только она доберётся до деревни, что привело бы к катастрофе сравнимой с нападением девятихвостого. Вот так вот.
П.С. Это всё объяснялось в последней серии Наруто.

Как бы она знала очень много секретов о канохе...