Действие разворачивается в будущем, когда человечество потеряло контроль над морями и океанами, а захватил их загадочный «Флот глубокого моря». Противостоять новой угрозе могут только «корабледевочки», счастливые обладательницы «духов военных судов ушедших времён». Действие сериала разворачивается на базе Чиндзюфу, где корабледевочки живут, работают, тренируются и противостоят «Флоту». Однажды на базу прибывает Фубуки, эсминец особого класса..
